Killコマンドに対して確認のメッセージを出す仕組みは用意されていません。

確かにKillコマンドの誤用（あるいは悪意による意図的操作など）は、お使いのシステムに致命的な影響を与える可能性がありますので、その様な危険性を排除するためには、セキュリティ設定の強化により、その様な操作を手作業で実施できる人員を制限するなどの措置を取られることをお勧めします。