はい、Caché/Ensemble2015.1以降で可能です。

％BuildIndicesの引数に、インデックスを再構築したいIDの開始値と修了値を指定することにより、その範囲内のインデックスのみが再構築されます。

実行例は以下の通りです。

例：Sample.Personクラスの、NameIDXインデックスとZipCodeインデックスを、ID=10～20のみ再構築する。