InterSystems IRIS Native API for Java のメソッドに、IRIS クラスメソッドを呼び出す classMethod***() があります。
ObjectScript メソッドおよび関数の呼び出し

こちらを使用することで、InterSystems IRIS Native API for Java から InterSystems IRIS のクラスメソッドを呼び出すことが可能です。
添付に使用方法について簡単なサンプルがありますので、ご覧ください。

InterSystems IRIS Native API for Java の使用方法については、以下のドキュメントをご覧ください。
InterSystems IRIS Native API for Java の使用法

また、Java側から InterSystems IRIS のストアドプロシージャをJDBC経由で呼び出す方法もあります。
詳細は、関連トピックをご覧ください。